1. 國立中山大學社會科學院院長
2. 國立中山大學中國與亞太區域研究所所長
3. 國家安全會議諮詢委員
4. 亞太和平研究基金會執行長
5. 財團法人臺灣民主基金會副執行長、執行長
6. 財團法人國策研究院文教基金會執行長
7. 國立中山大學中山學術研究所所長
8. 國立中山大學美國中心主任
9. 國立中山大學大陸研究所所長
10. 中央警察大學兼任教授
11. 高雄醫學大學兼任教授          
12. 中國文化大學大陸研究所兼任教授
13. 財團法人海峽交流基金會監事
14. 蘭德公司訪問學者
15. 台灣綜合研究院戰略與國際問題研究所兼任研究員    
16. 台灣經濟研究院兼任研究員
17. 國立交通大學兼任副教授
18. 外交部薦任科員
19. 台灣經濟研究院兼任研究員
20. 國立交通大學兼任副教授
21. 三軍大學戰爭學院地緣政治兼任副教授

服務項目

1. 106學年度中山大學宿舍調配委員會委員。
2. 104學年度中山大學校務會議委員。
3. 104學年度中山大學經費稽核委員會委員。

1. 監察院第6屆監察委員
2. 國立中山大學中國與亞太區域研究所特聘教授
3. 中華民國當代日本研究學會理事長

1. 中共軍事與國家安全
2. 兩岸談判策略研究
3. 中共國家戰略研究
4. 中共解放軍研究
5. 國際關係理論研究
6. 中共外交政策
7. 中共與第三世界政經發展研究
8. 兩岸地方政府之比較研究

1. 蔣經國學術交流基金會博士論文獎學金
2. 教育部公費留學獎學金
3. 斐陶斐榮譽學會會員
4. 國立中山大學社會科學院傑出研究獎
5. 國立中山大學優良導師獎
6. 榮獲國科會八十四學年度甲種獎
7. 榮獲國科會八十五學年度甲種獎
8. 榮獲國科會八十八學年度甲種獎
9. 榮獲國科會八十九學年度甲種獎

1. 林文程，「後冷戰時期美國的國家安全策略」，《美國月刊》，第8卷6期，1994年6月，頁4-14。
2. 林文程，「美國對波斯灣危機處理之探討」，《美國月刊》，第8卷10期，1993年10月，頁80-89。
3. 林文程，「評杭廷頓著第三波：二十世紀晚期的民主化」，《理論與政策》，第8卷4期，1994年8月，頁130-133。
4. 林文程，「戰後美越關係之回顧與前瞻」，《美歐月刊》，第10卷3期，台北：1995年3月，頁4-13。
5. 林文程，「亞太安全體系與台灣的國家安全」，《理論與政策》，第10卷1期，1995年冬季號，頁26-37。
6. 林文程，「反恐怖主義的困境」，《空大學訊》，第188期，1996年12月1-15日，頁60-64。
7. 林文程，「民主政治與菲律賓的社會改革」，《國立中山大學社會科學季刊》，第1卷1期，1997年春季，頁253~282。
8. 林文程，「中共接收香港的政治整合問題」，《國立中山大學社會科學季刊》，第1卷2期，1997年夏季，頁145-199。
9. 林文程，「九○年代臺海兩岸在非洲的外交對抗」，《國際關係學報》，第12期，1997年10月，頁19-40。
10. 林文程，「我國對過度性協議的看法與對策」，《國策》，第11期，1999年7月15日，頁7-9。
11. 林文程，「東協區域論壇與亞太多邊安全體系之建構」，《戰略與國際研究》，第1卷第3期，1999年7月（夏季號），頁74-114。
12. 林文程，「中共武力威脅型態與我國動員制度的建構」，《全民看國防》，第2期，1999年12月，頁18-37。
13. 林文程，「中共對信心建立措施的立場與做法」，《戰略與國際研究》，第2卷第1期，2000年1月（冬季號），頁83-130。
14. Wen-cheng Lin, “Taiwan and Asia-Pacific Stability,” Peace Forum, May 9, 2000, pp. 1-5. (http://www.dsis.org.tw/peace forum/papers/2000-05/APE0005001e.htm)
15. 林文程，「中國參與亞太多邊安全機制之目的與立場」，《中國事務》，第2期，2000年10月，頁82-97。
16. 林文程，「美國大選與美國之台海兩岸政策」，《中國事務》，第3期，2001年1月，頁6-20。
17. 林文程，「預防外交與臺海兩岸關係」，《戰略與國際研究》，第3卷第1期，2001年1月（冬季號），頁38-59。
18. 林文程，「恐怖主義的特質與反恐怖主義的困境」，《立法院院聞月刊》，第28卷第10期，2001年10月，頁36-49。
19. 林文程，「二○一○年中國大陸政治、經濟、社會發展對我國之影響」，《研考雙月刊》，第25卷第5期，2001年10月，頁55-66。
20. Wen-cheng Lin, “Beijing’s Taiwan Policy and Cross-Strait Relations,” Taiwan Defense Affairs, Vol. 1, No. 4 (Summer 2001), pp. 90-112.
21. 林正義、林文程，「台灣為何與如何參與國際組織」，《國際事務季刊》，第3期，2002年1月，頁81-105。
22. 林文程，「東京會議與重建阿富汗工程」，《國際事務季刊》，第3期， 2002年7月，頁134-156。
23. 林文程、林正義，「塞內甘比亞邦聯的浮現與解體」，《國家政策論壇季刊》，夏季號，2003年4月，頁126-139。
24. 林文程，「中共對聯合國和平維持行動之研究」，《兩岸與國際事務季刊》，第1卷第1期，冬季號，2004年1月，頁1-34。
25. 林文程，「伊拉克戰爭對中共之衝擊—兼論對臺灣及日本之啟示」，《中共研究》，2004年6月，頁47-68。
26. 林文程，「從制訂反分裂國家法看北京對台政策之發展」，《國立政治大學中國大陸研究中心通訊》，創刊號，2005年1月，頁22-25。
27. 林文程，「評Between Assimilation and Independence: The Taiwanese Encounter Nationalist China, 1945-1950, by Steven E. Phillips」，《台灣民主季刊》，第2卷第1期，2005年3月，頁187-194。
28. 林文程，「全球化下臺灣公務人員的國際觀」，《國家菁英季刊》，第一卷第四期，2005年12月，頁35-48。
29. Cheng-yi Lin and Wen-cheng Lin, “Democracy, Divided National Identity, and Taiwan’s National Security,” Taiwan Journal of Democracy, Vol. 1, No. 2 (December 2005), pp. 69-87.
30. 林文程，「中共在聯合國安全理事會的投票行為分析（1971-2005年）」，《問題與研究》，第四十五卷第三期，2006年5-6月。
31. 林文程、林正義，「臺灣修憲與台美中三角關係」，《臺灣民主季刊》，第三卷第四期，2006年12月，頁125-164。
32. 林文程，「聯合國安全理事會改革之挑戰與前景」，《政治科學論叢》，第37期，2008年9月，頁1-48。
33. 林文程，「小布希時期美中軍事交流研究」，《中華軍史學會會刊》，第14期，2009年9月，頁1-36。
34. 林文程，「美台關係的誤區與檢討」，《臺灣民主季刊》，第七卷第三期，2010年9月，頁187-202。
35. 林文程，2010/10。〈二○一○年中國大陸政治、經濟、社會發展對我國之影響〉，《研考雙月刊》，第25卷第5期，頁55-66。
36. 林文程，2011/3。〈克服兩岸政治協商障礙的途徑〉，《九鼎》，第41期，頁46-48。
37. 林文程，「中國全球佈局中的海洋戰略」，《全球政治評論》，第三十六期，2011年10月，頁19-42。
38. Wen-cheng Lin, 2012/6/1. “Taiwan in Ma’s Second term: International Implications,” Fride (A European Think Tank for Global Action), No. 9, pp. 1-6
39. Wen-cheng Lin, 2012/11. “Taiwan’s 2012 Elections and their Implication,” Taiwan Perspective, No. 197, pp. 1-5.
40. 林文程，2012/12。〈我國國家安全會議的組織和功能〉，《新社會政策雙月刊》，第25期，頁15-18。
41. 林文程，2012/12。〈聯合國與國際和平及安全的維護〉，《新世紀智庫論壇》，第60期，頁7-14。
42. Wen-cheng Lin, 2012/12. “USA-PRC Conflict on the Taiwan Issue,” Taiwan Perspective, No. 198, pp.1-12.
43. 林文程，2013/6。〈美國與中國的競合關係--對習近平、歐巴馬高峰會之觀察〉，《新世紀智庫論壇》，第62期，頁100-105。
44. 林文程，2013/8。〈習近平的中國夢：政治和外交挑戰〉，《中共研究》，第47卷第8期，頁119-126。
45. 林文程，2013/9。〈民主進步黨中國政策的演變與挑戰〉，《亞洲研究》，第69期，頁93-122。
46. 林文程、郭震遠，2013/10。〈杭州會談小結：兩岸需研究參與TPP及構建軍事互信〉，《中國評論》，第190期，頁16-19。
47. 林文程，2013/12。〈美中軍事交流對臺灣亞太安全之影響〉，《戰略安全研析》，第104期，頁41-50。
48. 林文程，2014/8。〈從烏克蘭馬航事件看美「中」俄三方關係〉，《展望與探索》，第12卷第8期，頁21-27。
49. 林文程，2014/9。〈民主進步黨中國政策的演變與挑戰〉，《亞洲研究》，第69期，頁93-122。
50. 林文程，2014/12。〈台海兩岸政治對話途徑分析〉，《台海研究(上海市)》，第2期，頁28-35。
51. 林文程，2015/12。〈台灣2016年選舉與兩岸協商的前景〉，《亞洲研究》，第72期。
52. Wen-cheng Lin, 2015/11. “Cross-strait Relations after Taiwan’s 2016 Elections,” Taiwan Perspective, No. 208, pp. 1-8.
53. Wen-cheng Lin, 2015/12. “Taiwan’s Options in the Sino-American Competition.” Taiwan Perspective, No. 209, pp. 1-13.
54. 林文程，2016/1。〈兩岸關係與台灣之國際環境〉，《台灣安保通訊》，第37期，頁35-56。
55. 林文程，2016/4。〈台灣2016年選舉與兩岸協商的前景〉，《亞洲研究》，第72期，頁23-45。
56. 林文程，2016/5。〈「美日印」聯合軍演與亞太安全體系之動態發展〉，《展望與探索》，第14卷第5期，頁19-26。
57. Wen-cheng Lin, 2016/11. “Taiwan’s ‘New Southbound Policy’ and Its Implication to Southeast Asia,” Taiwan Perspective, No. 210, November 2016, pp. 1-42.
58. 林文程，2017/1。〈釣魚臺爭端與美中在東亞的競爭〉，《日本與亞太研究》，第1卷第1期，頁1-30。
59. 林文程，2018/2。〈美「中」競爭與亞太安全情勢〉，《展望與探索》，第16卷第2期，頁67-101。
60. 林文程，2018/11。〈臺灣「新南向政策」與美國「印太戰略」的夥伴關係〉，《展望與探索》，第16卷第11期，頁9-18。
61. .林文程，2019/01。〈美國2018年期中選舉及其影響分析〉，《日本與亞太研究》，第3卷第1期，頁216-227。

1. 林文程，1994。〈媒體與談判：導論〉，程建人編，《媒體與兩岸談判》。台北：台北論壇基金會。頁1-18。
2. 吳玉山、林文程、江水平，《後鄧時期對大陸及台灣的震盪》，台北：財團法人國家發展研究文教基金會，1995年。
3. 詹滿容、林文程、姚克敏、于若倩，《亞太集體安全體系之建構與我國扮演之角色》，台北市：行政院研究發展考核委員會，1996年。
4. 李登科、林文程等合著，《國際政治》，台北市：國立空中大學，1996年。
5. Wen-cheng Lin, “Will the PRC Use Force on Taiwan,” in Peter Kien-hong Yu (ed.), The Chinese PLA’s Perception of an Invasion of Taiwan (New York: Contemporary U.S.-Asia Research Institute, New York University, 1996), pp. 163-212.
6. 林文程，「談判策略與技巧」，收於高雄市政府公教人力資源發展中心主編，《談判策略與技巧》，高雄：高雄市政府公教人力資源發展中心，1998年，頁25-46。
7. 林文程，「外在環境發展對台灣國家定位之影響」，收於黃昭元編，《兩國論與台灣國家定位》，台北：學林文化事業有限公司，2000年，頁425-450。
8. Wen-cheng Lin, “Australia’s Policy toward the PRC in the Post-Cold War Era,” in To-hai Liu (ed.), Australia Studies (Taipei: Department of Diplomacy, National Chengchi University, 2000), pp. 55-87.
9. 林文程，《中共談判的理論與實務：兼論台海兩岸談判》，高雄市：麗文文化事業股份有限公司，2000年。
10. 林文程，「中共國際戰略及其行為模式的演變與發展」，收於鄭宇碩編，《邁向二十一世紀的中國外交：回顧與前瞻》，香港：天地圖書有限公司，2001年，頁103-134。
11. Wen-cheng Lin, 2002. “Democratic Changes in Taiwan and Cross-Strait Relations,” in Borivoj Hnizdo ed., Political Changes in the Czech Republic and Taiwan: Comparison. Prague: Institute of Political science, Charles University. pp. 145-168.
12. Wen-cheng Lin and Cheng-yi Lin, “National Defense and the Changing Security Environment,” in Bruce J. Dickson and Chien-min Chao (eds.), Assessing the Lee Teng-hui Legacy in Taiwan’s Politics: Democratic Consolidation and External Relations (Armonk, New York: M.E. Sharpe, 2002), pp. 241-263. (雙向匿名審查)
13. 林文程，「台海兩岸協商的過去、現在與未來」，收於張五岳主編，《兩岸關係》，台北：新文京開發出版股份有限公司，2003年，頁99-121。
14. 林文程，「因應全球化需要突破中共外交封鎖」，收於丁渝洲主編，《台灣安全戰略評估2003-2004》，台北：遠景基金會，2004年，頁91-110。
15. 林文程，「北京對西藏及西藏流亡政府之政策」，收於蒙藏委員會編，《西藏國際研討會論文集》，台北：蒙藏委員會，2005年12月，頁81-105。
16. Wen-cheng Lin, 2005. “China’s Human Rights Report 2005: Introduction,” in Taiwan Foundation for Democracy ed., China Human Rights Report 2005. Taipei: Taiwan Foundation for Democracy. pp. 1-22.
17. 林文程，「二○○一年至二○○三年之美中軍事交流」，收於宋燕輝主編，《中美關係專題研究：2001-2003》，台北：中央研究院歐美研究所，2006年7月，頁67-96。
18. Wen-cheng Lin, “Taiwan’s Constitutional Reform and Cross-strait Relations,” in Talavs Jubdzis (ed.) Development of Democracy: Experience in the Baltic States and Taiwan (Riga: Latvian Academy of Sciences, 2006), pp. 151-167.
19. Wen-cheng Lin, 2006. “China’s Human Rights Report 2006: Introduction,” in Taiwan Foundation for Democracy ed., China Human Rights Report 2006. Taipei: Taiwan Foundation for Democracy. pp. 1-14..
20. 林文程，2006。〈中國第四代領導班子面臨之挑戰〉，國家實驗研究院科技政策研究與資訊中心編印，《中國趨勢發展中心—中國研究國際研討會論文集》。台北：國家實驗研究院科技政策研究與資訊中心。頁2-35～2-48。
21. 林文程，「聯合國安全理事會的改革」，收於陳隆志教授古稀祝壽論文集編輯委員會主編，《民主、和平與人權：陳隆志教授古稀祝壽論文集》，台北：台灣國際法學會，2006年，頁3-26。
22. 林文程主編，2006。《憲政改革與國家發展—2005年臺灣憲改經驗》，台北：臺灣民主基金會。
23. 林文程，「台海地區的衝突與和平」，收於蕭新煌、劉復國主編，《2006亞太和平觀察》，台北：中央研究院人文社會科學研究中心，2006年，頁31-65。
24. Wen-cheng Lin, 2007. “Preface: China Human Rights Report 2007,” in Taiwan Foundation for Democracy ed., China Human Rights Report 2007.Taipei: Taiwan Foundation for Democracy. pp. 1-21.
25. 林文程，「20年來台海兩岸協商與對話：台灣的策略」，收於游盈隆主編，《近二十年兩岸關係的發展與變遷》，台北：財團法人海峽交流基金會，2008年，頁91-117。
26. Wen-cheng Lin, 2008. “China’s 2008 Human Rights: The Year to Examine Beijing’s Commitment,” in Taiwan Foundation for Democracy ed., China Human Rights Report 2008. Taipei: Taiwan Foundation for Democracy. pp. 1-26.
27. Wen-cheng Lin and Cheng-yi Lin, “A Rising China and Hu Jintao’s Taiwan Policy,” in Hsin-huang Michael Hsiao and Cheng-yi Lin (eds.), Rise of China: Beijing’s Strategies and implications for the Asia-Pacific (London: Routledge, 2008), pp. 284-302.
28. Wen-cheng Lin, “The Limits of Democratic Appeal and Economic Leverage: Relations with ASEAN Countries,” in Steve Tsang (ed.), Taiwan and the International Community (Bern, Switzerland: Peter Lang AG, International Academic Publishers, 2008), pp. 189-212.
29. Wen-cheng Lin, 2009. “China Human Rights in 2009: Another Disappointed Year,” in Taiwan Foundation for Democracy ed., China Human Rights Report 2009. Taipei: Taiwan Foundation for Democracy. pp. 1-25.
30. 林文程，「美國對中國軍力發展及其意涵的評估」，收於林碧炤、林正義主編，《美中台關係總體檢》，台北：巨流圖書公司，2009年，頁235-264。
31. 林文程，2011。〈台海兩岸簽訂經濟合作架構協定之挑戰〉，朱顯龍主編，《兩岸和平發展路徑》。澳門：兩岸與澳台關係學會。頁169-177。
32. Hung-Mao Tien and Wen-cheng Lin (eds.), A Spectacular Century: The Republic of China Centennial Democracy Forums (Taipei: Institute for National Policy Research, 2011).
33. 林文程，2012。〈中國對人權的認知與實踐〉，胡慶山主編，《亞洲人權發展國際學術研討會論文集》。台北：稻香出版社。頁189-207。(ISBN：978-986-6078-14-9)
34. 林文程，2012。〈中國大陸和平發展對兩岸互動的影響〉，巨克毅主編，《兩岸和平發展的思維與前景》，台中：國立中山興大學國際政治研究所當代中國研究中心。頁99-109。(ISBN：978-986-0325-77-5)
35. 翁明賢、吳建德、林文程等共同主編，2013年，《國際關係新論》，台北：五南出版社。(ISBN：978-9-57116-956-9)。
36. 林文程、郭育仁主編，2013年。《日本的國家安全》。台北：國立政治大學當代日本研究中心。ISBN：978-986-04-0025-0 (平裝)   
37. 林文程等人編著，2013。《對立的和諧：跨越兩岸關係深水區》。台北：黎明文化事業股份有限公司。(ISBN：9789571608310)。
38. 林文程，2013。〈2000年以來美中對台灣問題之衝突與合作〉，翁明賢等人主編，《國際關係新論》，台北：五南圖書出版公司。頁387-401。(ISBN：978-9-57116-956-9)
39. 林文程，2013年。〈未來中共對台策略之可能方向與內涵〉，收於翁明賢等人主編，《對立的和諧：跨越兩岸關係深水區》。台北：黎明文化事業股份有限公司，頁511-521。(ISBN：9789571608310)
40. 林文程，2013年。《台海兩岸關係的現狀與未來》，收於蘇起、童振源主編，《兩岸關係的機遇與挑戰》。台北：五南出版社，頁49-70。(ISBN：9789571172941)。
41. 林文程，2013年。〈國家安全研究之演進〉，收於林文程、郭育仁主編，《日本的國家安全》。台北：國立政治大學當代日本研究中心，頁1-22。(ISBN：978-986-04-0025-0 (平裝))
42. 林文程，2014/10。〈中國之海洋戰略與南海政策〉，收於蔡明彥主編，《海洋安全與治理》，台北：鼎茂圖書股份有限公司，頁100-127。（ISBN：9789863450719）
43. 林文程，2014/11。「南台灣在兩岸關係中的角色〉，收於丁仁方、黃清賢主編，《南台灣與兩岸關係》，台北：時英出版社頁143-167。（ISBN：9789866653919）
44. 林文程，2016/3。〈台海兩岸協商及台灣的因應之道〉，收於童振源主編，《兩岸政策藍皮書》，新北市：博誌文化股份有限公司。頁25-35。(ISBN：978-986-210-152-0)
45. Wen-cheng Lin, 2016/10. “The Taiwan Independence Movement in and out of Power” Dongtao Qi, The China Quarterly, No. 227. pp. 842-843.(ISBN: 978-981-4689-42-7)
46. 林文程，2019/11。〈中國海權崛起與美中印太爭霸》，台北：五南出版社。(ISBN：978-957-76-3734-5)

1. Wen-cheng Lin, "Political Integration in Taiwan and Its Effects on the Island's Democratization," paper presented at the 1992 Annual Meeting of the American Political Science Association, Chicago, September 3-6, 1992.
2. 林文程，「封鎖的理論與實際」，於1994年12月18日發表於國策中心主辦之「封鎖與反封鎖」研討會。
3. Cheng-yi Lin and Wen-cheng Lin, "The PRC's Military Threat and Taiwan's Strategies," paper prepared for the International Conference on Cross-Straits Relations and Policy, March 27-29, 1995, sponsored by the Institute for National Policy Research.
4. Wen-cheng Lin and Michael Y.M. Kau, “Taiwan as an International Actor: Essential Components of ‘Taiwan Identity,’”paper prepared for the 1996 Pacific Symposium of “U.S.-Japan-P.R.C. Tripartite Relations: Foundation for a Stable Pacific Community?” sponsored by the National Defense University, February 13-14, 1996, Washington, D.C.
5. 林文程，「朝野三黨大陸政策之比較」，發表於國立中山大學大陸研究所於1996年3月9日舉辦之「跨世紀之兩岸關係」學術研討會。
6. Cheng-wen Tsai and Wen-cheng Lin, “The Internationalization of Taipei City: Problems and Prospects,” paper prepared for the Conference of the Internationalization of Taipei City, organized by the Taipei City Government, April 12-13, 1996, Taipei.
7. 林文程、蔡昌言「台海兩岸政治性談判：籌碼與策略之分析」，發表於台灣政治學會第三屆年會，1996年12月14-15日，台北市。
8. 林文程，「預防外交與柯林頓的國家安全戰略：三月台海危機個案研究」，發表於國立中山大學社會科學院與美國研究學會合辦「柯林頓政府亞太政策」研討會，1996年12月19日，高雄市。
9. 林文程，「中共海軍戰略發展與亞太安全」，發表於國策中心主辦之國防管理研討會，1996年12月21日，台北市。
10. 林文程、林正義，「論我國二十一世紀的國家戰略」，發表於國防部、行政院大陸委員會、與空軍軍官學校軍事社會科學研究中心合辦「展望公元二千年兩岸軍力平衡學術研討會」，1997年4月25日，高雄縣。
11. 林文程，「從民調看兩岸政治性談判」，發表於行政院大陸委員會與國立政治大學選舉研究中心合辦「兩岸關係問題民意調查」學術研討會，1997年5月16日，台北市。
12. 林文程，「後冷戰時期亞太安全體系之建構：東協區域論壇之成立與遠景分析」，發表於行政院大陸委員會與高雄市政府合辦「後九七兩岸三地關係」學術研討會，1997年5月31日至6月1日，高雄市。
13. 林文程，「台灣看香港與中國大陸的政治整合」，發表於香港珠海學院於1997年12月26-27日在廣東肇慶舉辦之「香港在兩岸關係中角色」研討會。
14. Hsin-li Chiang and Wen-cheng Lin, “Beijing’s Positions and Strategies in Cross-Strait Political Negotiations,” paper prepared for an international conference organized by Sun Yat-Sen Institute, National Taiwan University, March 21, 1998, Taipei.
15. Wen-cheng Lin, “Taiwan’s Arms Acquisition Dependence and Its Effects,” paper prepared for the research project of Arms Procurement Decision-making: The Republic of China, co-sponsored by Stockholm International Peace Research Institute and Institute for National Policy Research, April 1998.
16. Wen-cheng Lin, “Clashes and Dialogues between Civilizations: Asia-Pacific Experience,” paper prepared for the Regional Conference on the Dialogue of Civilizations and the Construction of an International Civil Society: Southeast Asian Experience, organized by the Asia-Pacific Affairs Forum with the cooperation of Institute for Policy Research, Kuala Lumpur, May 1-3, 1998.
17. Wen-cheng Lin, “Australia’s Policy toward the PRC in the Post-Cold War Era,” paper prepared for the International Conference on Taipei-Canberra Relations in the 1990s, sponsored by National Chengchi University, Australian Commerce and Industry Office, and Griffith University, October 3, 1998, Taipei.
18. 林文程，「產業、企業家與第二軌外交：以PECC及PBEC為例」，發表於亞太公共事務論壇與中正大學政治研究所合辦「企業與民間團體在第二軌外交之腳色研討會」，1998年12月18日，台北市。
19. 林文程，「中共對信心建立措施的立場與做法」，發表於台灣綜合研究院戰略與國際研究所主辦「信心建立措施與國防研討會」，1999年6月12日，台北市。
20. 林文程，「談判僵局中兩岸關係發展分析」，發表於第六屆北美華人學術研討會，1999年7月2-5日，美國華盛頓特區。
21. Wen-cheng Lin, “The ASEAN Regional Forum and the Asia-Pacific Security system,” paper prepared for the Sixteenth Sino-European Conference, co-sponsored by National Chengchi University and University of Cambridge, September 1-3, 1999, Queens’ College, University of Cambridge, United Kingdom.
22. 林文程，「兩岸談判策略分析」，發表於國家展望文教基金會主辦「瞭望公元2000年台灣與中國關係研討會」，1999年9月18日，台北市。
23. Wen-cheng Lin, "Cross-Strait Relations Enter the New Millennium: Taiwan’s Strategy for National Security," paper prepared for the Conference on East Asian Security, jointly organized by the University of South Carolina and Duke University, November 5-7, in Charleston, South Carolina.
24. 林文程，「多元社會對抗封閉社會：台海兩岸『兩個層次』談判之分析」，發表於靜宜大學企管系主辦「談判理論與實務研討會」，2000年6月9日，台中。
25. 林文程，「我國在落實全民國防上的挑戰與突破」，發表於台中師管區司令部主辦，「全民國防與全民防衛動員機制」學術研討會，2001年7月18日，台中市靜宜大學國際會議廳。
26. 林文程，「東亞的安全保障：進入二十一世紀的新挑戰」，發表於日本中國大陸問題研究協會主辦「第三十屆中日『中國大陸問題』研討會」，2003年3月26-30日，東京新宿京王Plaza Hotel。
27. 林文程，「伊拉克戰爭對中日台之啟示」，發表於第二屆東京—台北「亞洲和平」國際交流會議，2003年10月21-22日，東京。
28. 林文程，「美國與中共軍事交流合作」，發表於中央研究院歐美研究所主辦，「中美關係專題研究：二○○一至二○○三」學術研討會，2003年12月26日，台北市南港區。
29. 林文程，「台海兩岸關係與亞太安全」，發表於「亞太區域安全研討會」，2004年9月21日，台北市。
30. Wen-cheng Lin, “Multilateral Mechanisms and Asia-Pacific Security,” paper prepared for the International Conference on Asia Rising? Emerging Dynamics in the Asia-Pacific Rim, organized by the Pell Center for International Relations and Public Policy, Salve Regina University, in Newport, Rhode Island, on April 11-12, 2005.
31. Wen-cheng Lin and Cheng-yi Lin, “Chen Shui-bian’s Defensive Referendum and Taipei-Beijing-Washington Relationship,” paper prepared for The Center for China-US Cooperation’s Third Annual International Symposium: US-China-Taiwan Relations in the Second Bush and Chen Shui-bian Administration, organized by University of Denver China Center in Denver on May 13-14, 2005.
32. 林文程，「美中台關係與台海安全」，財團法人台灣新世紀文教基金會主辦，「台海安全的新視野研討會」，2004年12月18日，台北市。
33. 林文程，「聯合國應有的改革」，發表於台灣聯合協進會所辦「聯合國六十週年研討會」，台北：2005年10月23日。
34. Wen-cheng Lin, “Multilateral Security Mechanisms and Asia-Pacific Security,” 發表於社團法人國防政策研究學會所主辦「亞太民主與安全願景」國際研討會，台北市，2005年10月24-25日。
35. Wen-cheng Lin, “Cross-strait Confidence Building Measures,” paper prepared for the Conference on “Comparing Different Approaches to Conflict Prevention and Management: Korean Peninsula and the Taiwan Strait,” organized by Central Asia-Caucasus Institute Silk Road Studies Program, Uppsala University, Stockholm, December 16-17, 2005.
36. 林文程，「一九九六年台海危機以來中國對台軍事威脅」，發表於中華民國戰略研究協會主辦「台海十週年研討會」，台北，2006年3月11日。
37. 顏建發、范錦明、林文程，「台海地區：避免戰爭增進和平之道」，發表於臺灣和平基金會主辦「中國召開兩會的兩岸關係研討會」，台北，2006年3月25日。
38. 林文程，「駐外人員考試方法與技術之研究」，發表於考選部、政治大學外交學系主辦「，九十五年考選制度研討會」，台北：2006年5月3日。
39. Wen-cheng Lin and Cheng-yi Lin, “The Taiwan Issue under the Rise of China,” paper prepared for the International Conference on the Rise of China: Beijing’s Strategies and Implications for the Asia-Pacific, organized by Center for Asia-Pacific Area Studies, RCHSS, Academia Sinica, and Mainland Affairs Council, Taipei, August 24-25, 2006.
40. 林文程，「中國第四代領導班子所面臨之挑戰」，發表於國家實驗研究院科技政策研究與資訊中心主辦「中國穩定嗎？」中國研究國際研討會，台北：2006年9月28-29日。
41. Wen-cheng Lin, “Conflict and Cooperation between the United States and China: A Comparison on the Two Countries’ Voting Behavior in the UN General Assembly, 1989-2009,” paper prepared for the Conference on IR Theory and Global Developments, organized by the ROC International Relations Studies Association, Taipei County, June 9, 2011.
42. 林文程，「中共對人權的認知與實踐」，發表於淡江大學亞洲研究所、淡江大學日本研究中心主辦「亞洲人權發展國際學術研討會」，台北：2012年2月24日。
43. 林文程，2013/6/8。〈東亞新局勢對兩岸互動之可能影響〉，「第六屆兩岸和平論壇」，台中：中興大學當代中國研究中心。
44. 林文程，2013/11/8。〈中國的海洋戰略與南海政策〉，「第十一屆全球戰略與台海安全學術研討會」。台中：中興大學國際政治研究主辦。
45. 林文程，2013/12/7。〈美國與中共對人權議題之折衝，1989-2012年〉，「中華民國國際關係學會第六屆年會」。台北：中央研究院政治學研究所。
46. 林文程，2013/12/9-12。〈胡錦濤時代中國對美中關係的衝突管理:台灣問題個案研究〉，「第四屆兩岸關係澳論壇」。澳門：兩岸與澳台關係學會與澳門理工學院。

1. 蔡政文、林文程(協同主持人)，「台北市國際化策略之研究」，台北市政府研究發展考核委員會委託。
2. 林正義、張中勇、林文程(協同主持人)，「如何創造我國國家戰略有利態勢之研究」，國防部委託研究。
3. 高朗、林吉郎、林文程(協同主持人)，「我國民防制度之研究」，國防部委託研究。
4. 周世雄、林文程(協同主持人) ，1996年8月1日至86/07/31，「後冷戰時期亞太安全體系之研究」，國科會計畫(NSC86-2414-H-110-002)。
5. 林文程，1996年8月1日至1997年7月31日，「中共對外使用武力模式之研究」，國科會計畫(NSC86-2414-H-110-002)。
6. 林文程，1997年8月1日至1998年7年31日，「中共海軍軍力與戰略發展之研究」，國科會計畫(NSC87-2414-H-110-002)。
7. 林文程、吳秀光，「中共談判策略研究」，行政院大陸委員會委託。
8. 張顯超、林文程(協同主持人)，「兩岸各項交流事務的影響評估」，行政院大陸委員會委託。
9. 林文程，1999年8月1日至2000年11月30日，「美日安保條約與東亞安全體系之研究」，國科會計畫(NSC89-2420-H-110-001-SA)。
10. 蔡政文、林文程(協同主持人)，「南海情勢發展對我國國家安全及外交關係影響」，行政院研究發展考核委員會委託。
11. 林文程，2000年8月1日至2001年7月31日，「美國與中共軍事交流之研究」，國科會計畫(NSC89-2414-H-110-014)。
12. 林文程，2001年8月1日至2002年7月31日，「中共商業談判行為與策略研究」，國科會計畫(NSC90-2420-H-110-001)。
13. 林文程，2001年，「美國從邦聯到聯邦制度」，財團法人國家政策研究基金會委託研究。
14. 林文程，2002年8月至9月，「美國對中共第四代領導班子認知之研究」，外交部委託研究。
15. 林正義、林文程（協同主持人）、宋燕輝，2002年7月至12月，「當前中共對我參與世界衛生組織可能採取之策略」研究計畫，行政院衛生署委託研究。
16. 參與「公元二○一○年社會發展策略」專題研究之國家安全課題研究小組，擔任「外交政策」之研究與撰稿工作，行政院研究發展考核委員會委託。
17. 林文程，2002年8月1日至2003年7月31日，「中共參與聯合國行為之研究」，國科會計畫(NSC91-2414-H-110-006)。
18. 林文程，2003年8月1日至2004年10月31日，「反恐怖主義與美國對中共政策之研究」，國科會計畫(NSC92-2414-H-110-002)。
19. 林文程，2004年8月1日至2005年12月31日，「來自共黨中國之美及華裔社會科學家的政治立場研究：對中國政治發展及台海兩岸關係看法」，國科會計畫(NSC93-2414-H-110-005)。
20. 黃昭元、林文程(協同主持人)、姜皇池，2005年，「確保台灣主權地位方案」，外交部委託研究。
21. 張顯超、林正義、林文程(協同主持人)、范錦明、蕭琇安，2005年6月27日至2006年4月15日，「中共對台法律戰之研究」，陸委會委託研究。
22. 林文程，2005年8月1日至2006年7月31日，「中共的多邊外交研究：以中共參與亞太多邊安全機制為例」，國科會計畫(NSC94-2414-H-110-004)。
23. 林文程，2006年8月1日至2007年7月31日，「亞太地區非傳統性安全合作：以反國際恐怖主義為例」，國科會計畫(NSC95-2414-H-110-002)。
24. 林正義、趙建民、林文程 (共同主持人)、張顯超，2006年12月至2007年5月，「兩岸和平發展剛領研究」，總統府委託研究。
25. 林文程、廖達琪、張顯超，2007年1月1日至2007年12月31日，「中國政經動態觀測資料庫建置及分析(II)(1/2) 」，國科會計畫(NSC96-2745-P-036-001 )。
26. 林文程，2007年8月1日至2009年7月31日，「美國與中國在東亞外交影響力之比較」，國科會計畫(NSC96-2414-H-110-012-MY2 )。【2年期】
27. 林文程、廖達祺、張顯超，2008年1月1日至2008年12月31日，「中國政經動態觀測資料庫建置及分析(III)」，國科會計畫(NSC97-2745-P-036-003)。
28. 林文程，2009年8月1日至2011年7月31日，「美國與中國國家利益的衝突與合作：兩國在聯合國大會及安理會的投票行為分析」，國科會計畫(NSC 98-2410-H-110-023-MY2)。【2年期】
29. 林文程，2011年8月1日至2014年7月31日，「六四天安門事件後之中國的人權外交」，國科會計畫(NSC100-2410-H-110-029-MY3)。【(3年期)】
30. 林文程、范錦明，「從美國、日本與西歐等工業國家經驗探討我國產業與中國大陸台商供應鏈的動態調整策略」，財團法人工業技術研究院產經中心委託，2012年2月至12月。
31. 林文程，2011年8月1日至2014年7月31日，「六四天安門事件後之中國的人權外交」，國科會計畫(NSC100-2410-H-110-029-MY3)。【執行中，(3年期)】
32. 林文程、范錦明，2012年2月至12月，「從美國、日本與西歐等工業國家經驗探討我國產業與中國大陸台商供應鏈的動態調整策略」，財團法人工業技術研究院產經中心委託。
33. 林文程，2014年8月1日至2016年7月31日，「中國之海權發展與中美在西太平洋之競爭」，科技部計畫(MOST103-2410-H-110-034-MY2)。【(2年期)】
34. 林文程，2016年9月至12月，「105 年分區學者座談計畫(高屏地區場次)」，行政院大陸委員會委託。

1. 林文程，1994年8月，「評杭廷頓著第三波：二十世紀晚期的民主化」，《理論與政策》，第8卷4期，頁 130-133。
2. 林文程，2005年3月，「Between Assimilation and Independence: The Taiwanese Encounter Nationalist China, 1945-1950, by Steven E. Phillips」，《台灣民主季刊》，第2卷第1期，頁187-194。
3. 林文程，2006年 9月 28-29日，「中國第四代領導班子所面臨之挑戰」，發表於國家實驗研究院科技政策研究與資訊中心主辦「中國穩定嗎？」中國研究國際研討會，台北。
4. 2010年9月，Strait Talk: United States-Taiwan Relations and the Crisis with China（海峽對談—美台關係和與中國的危機）by Nancy Bernkopf Tucker（唐耐心）（Boston: Harvard University Press, 2009, Hardbook 390 pp., ISBN 9780674031876）刊登在：《台灣民主季刊》，第七卷第三期，頁187-202。